南京市中醫院（南京中醫藥大學(xué)附屬南京中醫院、南京市中醫藥研究所）成立于1956年，現有1個(gè)主院區（大明路院區）、1個(gè)分院區（城南分院），三個(gè)緊密合作型醫聯(lián)體：浦口分院（南京市浦口區中醫院）、高淳分院（南京市高淳中醫院）、濱海分院（鹽城市濱?？h中醫院），是新中國成立最早的中醫醫院之一，發(fā)展到現在已是一所中醫特色明顯，集醫療、教學(xué)、科研、預防保健、康復和急救功能為一體的、具有中國傳統文化特色的花園式、現代化大型三級甲等中醫院，是全國肛腸醫療中心、國家級區域診療中心。醫院現占地面積92畝，建筑面積31.1萬(wàn)平方米，編制床位1500張，在職職工1925人，其中高級職稱(chēng)衛技人員459人，碩博士458人。醫院科室設置完善，現有國家級重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫肛腸病學(xué)），國家級重點(diǎn)專(zhuān)科7個(gè)；江蘇省重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫腦病學(xué)），江蘇省重點(diǎn)專(zhuān)科8個(gè)；南京市中醫重點(diǎn)專(zhuān)科16個(gè)。醫院有國家、省市級名中醫80人，國家級名中醫工作室5個(gè)、省級名中醫工作室6個(gè)、市級名中醫工作室27個(gè)、國家及省級名中醫工作室基層工作站4個(gè)、市級名中醫工作室基層工作站24個(gè)。設立了院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創(chuàng )新實(shí)踐基地、南京市中醫藥現代化與大數據研究中心、南京市中醫藥轉化醫學(xué)基地、南京市普外科臨床醫學(xué)中心、南京市醫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。

醫院擁有院內自制制劑122種。擁有國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性項目：丁氏痔科醫術(shù)；江蘇省非物質(zhì)文化遺產(chǎn)項目：“洪氏眼科”“金陵中醫推拿術(shù)”；與多名國醫大師、國醫名師達成合作協(xié)議；與美國、比利時(shí)等多所大學(xué)開(kāi)展院校間科研、教學(xué)、人才培養全面合作。在全國率先創(chuàng )立多專(zhuān)業(yè)一體化診療平臺，并作為典范向全國推廣建設經(jīng)驗。

2021年，醫院榮登“2021年度中醫醫院學(xué)科（專(zhuān)科）學(xué)術(shù)影響力”中醫肛腸病學(xué)全國排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評為“2021屆中國中醫醫院最佳臨床型專(zhuān)科”。獲批1個(gè)省級臨床醫學(xué)中心—“江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學(xué)創(chuàng )新中心”，獲批2個(gè)市級臨床研究中心—南京市中西醫結合疫病研究中心、南京市中西醫結合心血管病研究中心。醫院樊志敏、顧寧、孔薇3位專(zhuān)家入選第四批省名老中醫藥專(zhuān)家傳承工作室建設項目專(zhuān)家名單。